铁离子有一个复杂的化学性质并且可能在进料中以非有机沉淀或者（氧化物/氢氧化物）或者以有机金属复杂化合物的形式存在。在水处理的应用中，铁离子通常被转化为更难溶的fe3+形式。
两种清洗方法可以被采用：用高浓度的盐酸处理或者用硫代硫酸钠（na2s2o4）将fe3+转化为fe2+。如果是正向处理树脂，则需在处理前反冲树脂床使树脂床层疏松并且清洗树脂，最后将液面放至树脂床层高度10cm左右的位置。树脂首先需要反洗，如果存在有机物的污染需用氯化钠进行处理，这样能够确保除铁的效果。同时氯化钠溶液也能部分的去除铁离子。具体的清洗步骤需要针对每一种的再生过程（正向或者反向）。
一、用高浓度的盐酸处理
推荐的酸洗过程如下：
为避免硅沉淀或者聚合物，如果树脂上吸附了硅离子，首先需要进行再生。酸浓度需要逐渐的提高以避免过大的应力对树脂产生的破坏。
1.树脂处于饱和状态；
2.反向1-2bv体积2%盐酸溶液进料30min；
3.反向1bv体积10%盐酸溶液进料30min；
4.浸泡2-4小时
5.反向用2-3bv的水置换；
6.3-5bv的水正向置换；
7.两倍剂量再生剂再生树脂（naoh浓度相同，两次时间相同）
硫代硫酸钠的处理（将fe3+转化为溶解度高的fe2+）
二、用硫代硫酸钠的方法如下：
不要使用空气搅动避免可能引起处理效率的降低。
1.树脂处于饱和状态。
2.反向1-2bv体积5%的硫代硫酸钠溶液进料时间30min；
3.浸泡2h；
4.反向进料1bv体积5%硫代硫酸钠溶液进料30min；
5.如果有条件浸泡24h；
6.2-3bv体积的去离子水反向置换；
7.3-5bv体积去离子水水洗（正向）
8.双倍剂量再生剂再生树脂（同样naoh浓度再生两次，时间与上述一致）